Para Tokyo ahora está todo super caro, estuve allí hace un par de semanas y me partí el culo de risa con los precios, lo que antes estaba a 3€ ahora está a 40€ (aunque para juegos de SNES sin caja sí que te encuentras buenos precios).
Tiendas para mirar en Akihabara tienes:
Surugaya
Mandarake
Book Off
Hard Off
Super Potato (el LOL de los precios caros, una trampa para turistas, tenian el Blazing Stars de Neogeo a 1.078.000 yens xDDD)
Traders
Sofmap
Pero hazte a la idea de que todo está caro, así no te llevas sorpresas.
Si tienes tiempo libre estando ahí lo que tienes que hacer es buscar "Book off" en google maps y ver qué hay cerca.