La endogamia, desde luego, no debería producir esos efectos tan marcados en la 3ª o 4ª generación (y en tantos individuos a la vez, aunque no he visto el vídeo), así que supongo que ese árbol se queda corto y, en todo caso viene de bastante antes.... o bien hay otra clase de problema subyacente (aparte de la endogamia).
O sea sabemos que la endogamia, debido a la poca variabilidad genética, tiende a producir sujetos con defectos congenitos, enfermedades hereditarias etc. Pero no es tan marcado como se cree en la cultura popular, que prácticamente cree que dos primos tienen un hijo y sale "tonto". SI los dos individuos son sanos es extremadamente raro esos efectos en pocas generaciones.
Así que, resumiendo, los efectos Carlos II se ven tras varias varias generaciones de primos, sobrinos y hermanos dándole al tema.