Gwynbleidd He creado una carpeta Games (llamala como quieras) donde he ido creando carpetas por cada sistema (GB, GBC, GBA, NES, PSX...) y luego en Daijisho, en cada sistema hay un botón de rutas (se ve en la imagen que he puesto) donde he añadido la ruta donde debe escanear.
Obviamente, previamente tienes que tener el emulador instalado (Retroarch por ejemplo, con los cores correapondientes descargados, pero también emuladores standalone como Duckstation), y le tienes que especificar a Daijisho qué emulador/core quieres usar (eso se hace en el botón editar abajo a la derecha de cada sistema, también se ve en la imagen).