Bonetrousle EmulationStation digamos que "reconoce" muchos de esos otros emuladores. Tú los ubicas en sus carpetas correspondientes, al igual que se hace con las BIOS, roms, etc., y EmulationStation los identificará.
Pero para eso precisamente existe el EmuDesk, que automatiza todas las tareas de enrutado de todos los emuladores, tanto retroarch como los que son independientes, además de automatizar la descarga de sus últimas versiones, configuraciones, etc... Por ello EmuDesk es muy útil, ahorra un huevo de tiempo en el proceso sobre todo si quieres meter muchos emuladores distintos.
Y luego como dices, EmulationStation tiene su interfaz donde listar las plataformas y juegos, además de contar con múltiples skins visuales y organizativas, la posibilidad de scrappear de una gran BD carátulas, vídeos de previews de los juegos, etc., para darle el aspecto visual que tú quieras a tu gusto.
