yamer me parece súper básico un sistema de localización constante (GPS o lo que sea necesario para esas profundidades).
El radar y el GPS no funciona bajo el agua.
Tienes el sonar, que envía ondas sonoras, pero estas ondas al chocar con las termoclinas (capas submarinas de agua de diferente temperatura, salinidad...) Hacen que la onda sonora no llegue al submarino.
Podrías usar el sistema pasivo, que es escuchar los ruidos que hace el submarino, pero volvemos a tener problemas otra vez con la termoclina.
Además la onda tiene un alcance máximo, pasado ese alcance no se recibe eco.
La única forma de tener siempre localizado al submarino, seria tenerlo conectado al barco por medio de un umbilical
