Mana Khemia en si es Atelier pero con otro nombre, no son spin off de la saga como lo que salieron en DS.
En si Mana Khemia es A9 y Mana Khemia 2 es A10 (Que es parte de la saga principal)
Ahora el porque es tan diferente al resto de juegos? Pues por la misma razón por cual los 3 Iris de PS2 también son muy diferentes al resto de la saga, digamos que fue un experimento extraño que hicieron que termino en que la fanbase se dividiera en 2, los jugadores que querian que volviera a sus raices y a la gente que le gustaba los JRPG mas clásicos, algo como la pelea de la fanbase de Final Fantasy.
Sobre Ar Tonelico, en si la saga termino con el 3 que era parte del proyecto que el director tenia en mente. Después creo otra subsaga de Ar tonelico llamada Surge Concerto la cual es una "precuela" de Ar tonelico usando exactamente la misma base de los originales pero ambientado en otro planeta, el primer juego lanzado por parte de este nuevo proyecto fue Ciel nosurge
Se lanzo para Playstation Vita hace mas de una década y era una "novela visual" donde cuidabas a una mascota virtual que es Ion (la chica de los trailers) donde periódicamente se actualizaba con capítulos de la historia principal, de hecho no se si estará un canal con todos los capítulos con sub en ingles, lamentablemente el juego nunca salio de japon, de hecho con los relanzamiento en Switch y PC aun estan en japones. Años mas tarde lanzaron un JRPG basado que era secuela de Ciel nosurge y precuela de Ar tonelico 1 donde unieron los 2 universos que tuvo la suerte de ser lanzado en PS3 y Vita en ingles
El problema es es un juego creado con 2 duros y se nota demasiado a pesar de que la historia es una fumada de las buenas. Ahora el porque llamaron este proyecto Surge Concerto y no volvieron a usar el nombre de Ar tonelico? Esto es un rumor que por lo menos la fanbase de esta serie lo tenemos como verdadero, es que Banpresto era propietaria de la IP(Ya que Ar tonelico fue un proyecto con varias empresas) y esta fue absorbida por Bandai Namco hace años por lo cual la IP actualmente la tiene Bandai.