Davidlie no es tan complicado de entender.
A la hora de hacer un emulador, la base de programarlo es que cuando la consola hace X, el emulador los traduce para que el sistema donde se ejecuta haga X. Si el sistema no tiene conocimiento de esa funcion, hay que reprogramarla desde cero, y dependiendo de la consola y logica de sus chips, puede ser complicado.
Por ejemplo, para emular Gamecube y Wii, los de Dolphin han tenido que programar varias veces funciones que ya tenian emuladas, porque solo hacian parte de lo propuesto, o se ha encontrado una manera mas eficiente de hacerlo. Y cosas donde siempre acaban volviendo y rehaciendo es el tema de graficos por la forma en que esas consolas hacian funcionar sus graficos. Ellos mismos dicen que Cube y Wii no usaban shaders, sino que los efectos se codeaban directamente a la gpu, pero que para emular bien los graficos, hay que traducir todo eso para que puedan funcionar como shaders en graficas actuales, y sigue sin haber una compatibilidad total de graficos. Rogue Leader sigue teniendo fallos graficos o ausencia de algunos efectos por eso mismo.
Seguramente, la forma en que esos mipmaps funcionan en Paper Mario sea exclusiva del juego (no los mipmaps en si, sino el metodo), y si bien han dado con el metodo usado en Mario 64, no lo han hecho con Paper Mario, hasta que alguien se centre especificamente en resolver ese problema unico.
En FPGA es posible solucionarlo porque no hay que traducir la forma que funciona el sistema a las diferentes formas que otro sistema pueda entender, sino que al simular toda la logica de la consola, es mas viable (que no facil) de conseguir que funcione.