No te lo tomes como un ataque, de verdad que no es mi intención, pero básicamente es por falta de cultura financiera.
Resumiendo mucho, lo que estás pagando es el tramo que te corresponde. Si sumas dos cantidades, la cantidad es mas alta, por lo tanto, tiene tramos mas alto que separados.
Un ejemplo muy simplificado. Si por cobrar menos de 20k te retienen el 10% y mas de 20k el 20%, suponemos que ambos cobráis 15k, os retienen a cada uno 1500€, 3000€ en total. Si la hacéis conjunta, es como si cobraráis 30k, por lo que se os aplica el tramo de >20k, por lo que os retienen 6000€. Como durante el año "sólo" os han retenido 3000, pues tenéis que pagar lo que falte, en este caso 3000€.
Es un ejemplo muy resumido y no funcionan así los tramos del IRPF, pero la idea es esa.
