Ittoogami A ver, si durante el resto de juego no tienes este problema y con los charcos sí... ¿No has podido pensar que está hecho así a posta en los charcos?
Porque así es, yo ya llevo 5 y en todos me ha pasado lo mismo, es una mecánica intencionada, no te va a aparecer el charco hasta que estés justo encima, de hecho es como dice @Shiroyama, tienen su animación de irse materializando y demás, está hecho así a propósito.
Que conste que yo nunca me subo al cielo a verlos desde arriba, yo voy dando vueltas por ellos a nivel del suelo hasta que aparece el charco, pero eso que dice está hecho así a propósito.