Tanto Ganondorf como Kratos son inmortales, así que el más fuerte no puede decidirse en función de "quién puede matar a quién", porque los dos están destinados a vagar por el mundo eternamente. Kratos tiene una maldición por la que no puede morir, y si lo hace, de una forma u otra termina volviendo, y con Ganondorf ocurre lo mismo, puedes matarlo o vencerlo pero lo máximo que consigues es sellarlo y reaparece al tiempo, porque también es parte de la maldición del Heraldo. Así que la pregunta se remite a quién es capaz de hostiar al otro con más ganas.
Reconozcamos una cosa en primera instancia. Ganondorf es una encarnación infinitamente más poderosa en concepto que Kratos. Kratos mata a Ares y se convierte en el Dios de la Guerra, pero Ganondorf es la encarnación del mal en sí mismo. Esto es un poco como en Chainsaw Man. Hay demonios muy tronchos que representan la encarnación de algo malo, como el belicismo, las armas... Y luego están los demonios que encarnan un concepto mucho más universal, como el dolor, el miedo... O en este caso, el mal. Porque todo lo que he dicho antes, tanto el dolor, como el miedo, como la pérdida, la derrota, el sufrimiento, la guerra, la muerte, las armas, todo eso y mucho más, se puede engloblar en una única palabra: mal. El mal. Y Ganondorf es la encarnación de ese mal. No es el Dios de la Guerra ni el Dios de los Rayos, ni el Dios de las Aguas ni nada, es el Mal en sí mismo.
A favor de Kratos, tengo que decir que seguramente sea superior a Ganon/Ganondorf en combate. En cuanto a manejo de las armas y todo eso, aunque Ganondorf también es un espadachín muy diestro. Ganondorf tiene la trifuerza del poder y no muere ni siquiera con la Espada Maestra, un artefacto imbuido con poder sagrado para repeler el mal en sí. La Espada Maestra en el universo de Zelda está creada por la Diosa Hylia, pero la parte más importante de todo esto para mí viene a continuación...
En el universo de TLOZ, los 3 seres más poderosos de su ficción son las Diosas Din, Nayru y Farore, que crearon el universo de TLOZ. Cada una de esas diosas es equivalente al Dios cristiano, es decir, que son omnímodas (a diferencia de Zeus, Thor y otros elementos de las mitologías griegas y nórdicas, que si bien tienen mucho poder, jamás fueron considerados tan absolutos como nuestro Dios monoteísta), y si alguien tiene dudas de por qué son 3, le recuerdo que en el cristianismo Dios también se presenta con dos formas más, que son el Hijo y el Espíritu Santo (la Santísima Trinidad). Esas diosas crearon el reino de Hyrule y todo lo que éste contiene, incluyendo lo bueno y lo malo, las emociones, el intelecto, la materia, la magia, todo.
Estas diosas delegaron en Hylia, que también es una Diosa, en posesión de la Trifuerza completa, que no es sino la materialización del poder existencial de las 3 diosas que mencioné antes y que crearon el universo completo de TLOZ, forjó la Espada Maestra, el único artefacto con el que Link puede siquiera aspirar a enfrentar a Ganondorf. La Espada Maestra no es simplemente una espada mágica o un arma fuerte como las Espadas del Caos, que eran el arma del Dios de la Guerra Ares, sin más, un arma divina que sería de rango C o B si esto fuera Fate. No. La Espada Maestra tiene el poder de las 3 diosas que crearon el universo de TLOZ y además está bendita por la propia diosa hylia, vamos, que es el equivalente videojugabilístico a tener un arma en un juego con el poder de Dios Padre, no de Ares ni de un Dios random, y este arma es la única opción que tiene Link de enfrentar a Ganondorf, y ni con ella es capaz de darle muerte.
Por lo que opino que Kratos es que ni siquiera lo tocaría. Ganondorf lo revienta.