Lean bien la noticia:
En Persona 3 hay dos efectos negativos en los S.Link: Reversed y Broken. Lo que eliminaron es solo el Broken, que probablemente nunca se lo hayan cruzado los que jugaron P3 FES. Y esa mecánica ya estaba fuera en P3P.
Reversed es lo que pasaba por ejemplo con los S.Link femeninos cuando había celos, etc. El efecto es que no puedes subir el S.Link hasta que hables con el personaje y gastes un días en "arreglar" la relación. Cuando fusionas Personas sigues teniendo acceso a los puntos de experiencia de ese S.Link.
Broken en cambio requiere primero dejar que el link caiga a Reversed. Después hay que contestar mal a los intentos de arreglar la relación. Una vez que un S.Link quedaba Broken, no podías volver a fusionar Personas de esa arcana, y no hay forma de arreglar que un Link esté Broken. Es un castigo que no hay forma de deshacer.