Es una serie de circunstancias:
1- En el momento en el que se independizaron las Provincias Unidas de la Plata no lo hicieron bajo un solo caudillo, sino bajo varios líderes. Las provincias al norte del río de la Plata fueron inicialmente más proclives a mantener la pertenencia a España y, tras la independencia de las provincias, se mantuvieron con intereses diferentes a las provincias Unidas del sur del río de la PLata.
2- Lo normal es que siendo una provincia pequeña no tardase en querer ser invadida por los vecinos, y así fue, durante los siguientes años Brasil invadió y se anexionó brevemente el territorio, a lo que siguió una revolución de los uruguayos por la independencia ( aunque muchos lo querían era unirse a Argentina).
3- Poco después vino lo inevitable: la guerra entre Argentina y Brasil por el control del territorio. La guerra acabó con las potencias occidentales decidiendo que la provincia mantuviese ( o consiguiese, según se mire) su independencia para mantenerse entre otras cosas como zona neutral entre Argentina y Brasil, ser un territorio de equilibrio entre los dos nuevos países que apuntaban maneras ( aunque Brasil no era todavía 100% independiente, tenía una autonomía casi total dentro del Reino Unido de Portugal y Brasil) y evitar conflictos futuros ( y por qué no decirlo, para tener un territorio pequeño en esa zona más fácil de influir por franceses y británicos).
4- Tras estos eventos, las siguientes guerras que hubo en la región pusieron los ojos de todos esos países en otros puntos del mapa ( sobretodo Paraguay, con una guerra tremenda), y el interés por Uruguay fue decayendo.
En conclusión, es un tema en el que se mezclan razones geográficas ( colonia española con hispanoblantes geográficamente aislada del resto y más accesible desde Brasil), históricas ( diferentes intereses y líderes durante el periodo original de independencia) y geoestratégicas ( intereses internacionales que mediaron en las guerras entre Brasil y Argentina por el territorio que culturalmente casaba más con Argentina, geográficamente con Brasil).