Bonetrousle el cue es un "índice" de los archivos.
Si el juego solo tiene un .Bin y un .cue solo necesitas el .Bin ya que todo el juego está ahí, un ejemplo serían los Harry Potter.
Pero por otro lado si es de esos juegos que usan el truco de tener una partición en el CD para los datos del juego y otra para la música en formato CD, como por ejemplo los Ridge Racer, entonces tienes un .cue y varios .Bin
Si abres el .cue con un bloc de notas ceras que va indicando que contiene cada .Bin, por ejemplo este es el .cue del primer Ridge Racer
FILE "Ridge Racer (USA) (Track 01).bin" BINARY
TRACK 01 MODE2/2352
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 02).bin" BINARY
TRACK 02 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 03).bin" BINARY
TRACK 03 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 04).bin" BINARY
TRACK 04 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 05).bin" BINARY
TRACK 05 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 06).bin" BINARY
TRACK 06 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 07).bin" BINARY
TRACK 07 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 08).bin" BINARY
TRACK 08 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 09).bin" BINARY
TRACK 09 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 10).bin" BINARY
TRACK 10 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 11).bin" BINARY
TRACK 11 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 12).bin" BINARY
TRACK 12 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 13).bin" BINARY
TRACK 13 AUDIO
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FILE "Ridge Racer (USA) (Track 14).bin" BINARY
TRACK 14 AUDIO
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Hay programas como CDmage que te permiten juntar todo en un solo .Bin o con chdman puedes generar un .chd y luego al pasarlo de nuevo a .Bin tenerlo todo en uno solo en lugar de varios.