Casius_Claymore En todo caso con el anterior la explicación serviría igual, simplemente añaden que la mente rellena algunos huecos y ala.
Desde el AC1 juegan con que Desmond ve cosas que no se esperaba, basicamente te dicen que su percepción de las cosas no afecta a lo que se ve o no en el animus, si no que ve la realidad como fue.
Otra cosa es el Animus post-AC3, que ya se ha visto en casos como el ACLiberation en el cual los templarios activamente alteraban los recuerdos y quitaban y ponían lo que les apetecía. En ese juego hay cinematicas cortadas para hacerte ver que la prota es una chiflada mala gente pero luego puedes explorar y encontrar la version terminada de las cinematicas en las que se ve que realmente no era mala.
En AC4 se introduce que Abstergo está buscando y diría que manipulando recuerdos específicos que beneficien su versión de los hechos (más o menos lo que ha hecho Ubisoft con lo del Yasuke samurai, irónico), así que ahí ya es jauja lo que se vea en el pasado de los juegos.
Lo que es evidente es que a ninguna de las 2 partes le conviene que ahora el animus sea una mierda que se inventa cosas en base a lo que le apetezca al sujeto conectado.